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在 Ubuntu 16 里安装SMRT Analysis 2.3

感谢张天给机会安装。

SMRT Analysis 软件能帮助科研人员对基因测序。单安装包集成tomcat, mysql等，自动安装，挺方便。

环境：Ubuntu 16.04 64位（或许Ubuntu 14更合适些）， SMRT Analysis 2.3，计划安装在 /home/smrtanalysis，单机安装，无job manager system。

过程：

  1. sudo adduser smrtanalysis # 添加 smrtanalysis 用户和组
  2. 将安装文件，smrtanalysis_2.3.0.140936.run 和 smrtanalysis-patch_2.3.0.140936.p5.run 上传到 /home/smrtanalysis 目录
  3. su smrtanalysis # 切换到 smrtanalysis 用户
  4. bash smrtanalysis_2.3.0.140936.run -p smrtanalysis-patch_2.3.0.140936.p5.run --rootdir /home/smrtanalysis/ # 开始安装
  5. 问，是否使用 smrtanalysis 运行，保持默认
  6. 环境检测，图中提示ubuntu版本不支持，可能过新（16.04）；提示至少需要8个CPU， 本例测试机仅有1个CPU
  7. 问，用什么网址来访问测序程序入口，本例是用swas.anqun.org，默认是用系统中的IP地址
  8. 问，tomcat用哪些端口，本例保持默认的8080
  9. 问，临时目录和数据目录设置在哪里，本例保持默认
  10. 问，mysql使用什么端口，本例保持默认 53306
  11. 问，是否有 job management system，本例选择没有，NONE
  12. 之后就会根据回答，生成配置文件
  13. 安装成功
  14. /home/smrtanalysis/admin/bin/smrtportald-initd start # 启动 tomcat 和 mysql
  15. /home/smrtanalysis/admin/bin/kodosd start # 启动 kodosd
  16. 如果顺利，可以在进程中查询到 tomcat， mysql 和 kodosd 的进程信息
  17. 在 Chrome 浏览器里输入网址，本例是： swas.anqun.org:8080/smrtportal 就可以看到页面内容了
  18. 首次可以点击右上角的 Register 链接，注册默认的 administrator 用户
  19. 注册用户时，要求密码至少八位，且须包含一个特殊字符，如#

参考：